科研簡介: 1. 蛋白質構象變化的機制研究。 蛋白質作為生命體內重要的功能單元,在執行生理功能時,其構象通常會發生變化,以適應特定的生理需求。深入探究蛋白質構象變化的機制,如折疊、去折疊、構象轉換等,對于理解蛋白質如何響應外界刺激、執行生物功能,以及參與疾病發生發展等方面具有重大意義。通過使用全原子和粗粒化分子動力學模擬方法,我們能夠揭示蛋白質構象轉變的精細路徑,這不僅有助于闡明蛋白質功能機制,還為靶向藥物設計提供了重要指導。 2. 蛋白質與脂質的相互作用研究。 脂質不僅是細胞膜的重要結構組分,還在調節膜蛋白功能方面發揮著關鍵作用。深入理解脂質與蛋白質的相互作用機制是當前生物研究領域的一個重要課題。通過應用全原子和粗粒化分子動力學模擬方法,我們能夠精確定位蛋白質和脂質的結合位點,識別參與相互作用的關鍵氨基酸殘基,從而為解析膜蛋白與其周圍環境的復雜相互作用提供了重要見解。 未來我們團隊將在上述工作的基礎上,進一步整合對蛋白質結構與功能的理解,結合AI驅動的分子設計、分子對接以及多尺度分子模擬等計算方法,開展廣泛且深入的蛋白質功能機制研究,并希望為新藥研發帶來新突破。
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代表性論文: [1] Yang, S., Song, C.* Switching Gō-Martini for investigating protein conformational transitions and associated protein lipid interactions. J Chem Theory Comput 20, 2618–2629 (2024). [2] Dong, L., Yang, S., Chen, J., Wu, X., Sun, D., Song, C*., Li, L*. Structural basis of SecA-mediated protein translocation. Proc. Natl Acad. Sci. USA 120, e2208070120 (2023). |